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戦い終えて、犠牲を防げなかった自責の念で古代の心は沈む。看護士としてヤマトに密航してきた婚約者・森雪との再会も、気持ちの整理ができず混乱するばかりだった。様々な人の様々な思惑と陰謀を乗せて、ヤマトは一路、避難民をガミラス艦隊に託すため惑星シュトラバーゼへと向かう。